Vor und nach Schließung des Museums wurden einige Exponate an andere Museen abgegeben, überwiegend als Leihgaben. Dies sind u.a.:

• Ein Modell der Fischereihafen-Doppelschleuse und das Ebbe-Flut-Modell. Beide befinden sich heute im Deichmuseum Dorum.
• Das große Skelett des 1984 in der Weser geborgenen Pottwals hängt heute im Deutschen Schifffahrtsmuseum.
• Ebenfalls im Deutschen Schifffahrtsmuseum wird die Wal-Harpune aufbewahrt, die als Prototyp 1889 bei einer Expedition des Deutschen Fischereivereins zu den Bäreninseln getestet wurde.
• Eine Vitrine voller Säugetierschädel und anderer Präparate befindet sich zu Unterrichtszwecken in der Zooschule im Zoo am Meer.
• Das Walross, das 1960 im Nordseemuseum präpariert wurde, ist zur Zeit im Erlebniszentrum "Naturgewalten" in List auf Sylt zu sehen.
• Einige Exponate ließen sich nicht ohne Zerstörung aus dem Baumwollschuppen entfernen und verblieben dort unter der Obhut des Alfred-Wegener-Instituts. Dies sind u.a. das Modell eins Walhais an der Zwischenwand zu Saal 3 und ein großer Ammonit im Geländer des Treppenaufganges.